Dans la filière vanille, l'Ouganda affirme avoir enregistré des progrès importants au cours de la dernière décennie aussi bien au niveau de la qualité que de l’offre, le pays devenant le second producteur mondial de la gousse et s’affirmant comme une alternative à l’orchidée malgache avec un taux de vanilline qui séduit de plus en plus les industriels. Toutefois, le pays de l'Afrique de l'Est reconnaît que sur le plan de la structuration et de la traçabilité, la vanille produite à Madagascar présente toujours plusieurs avantages comparatifs.